Inicialmente fue una de las razas de las tierras altas escocesas que se agruparon bajo el nombre de «Skye Terriers», siendo una de las cinco razas de terrier que se originaron en Escocia; las otras cuatro son el Skye, Cairn, Dandie Dinmont y West Highland White Terrier. La agrupación inicial de varios de los highland terriers —incluido el Scottie— bajo el nombre genérico de «Terriers de Skye» causa cierta confusión en el linaje de la raza.
Hay desacuerdo sobre si los terriers de Skye mencionados en los primeros registros del siglo XVI en realidad son descendientes de los precursores del Scottie o viceversa. Es cierto, sin embargo, que la raza del Scottie y del Westie están estrechamente relacionadas en sus antepasados originarios de la región Blackmount de Perthshire y el Moor de Rannoch. Los Scotties fueron criados para cazar y matar animales en las granjas, como roedores, o cazar tejónes y zorros en las Tierras Altas de Escocia.
El origen real de una raza tan antigua como el terrier escocés es oscuro y falto de documentación o papeles. Los primeros registros escritos acerca de un perro con descripción similar a la del terrier escocés datan de 1436, cuando Don Leslie lo describió en su libro «La historia de Escocia 1436-1561». Doscientos años más tarde, Sir Joshua Reynolds retrató una joven acariciando un perro de apariencia similar a la del terrier escocés moderno. El rey Jacobo VI de Escocia fue una figura histórica importante en la historia del terrier escocés. En el siglo XVII, cuando el rey Jacobo VI se convirtió en Jacobo I de Inglaterra, envió como regalo seis terriers —que se consideran los precursores del terrier escocés— a un monarca francés. Su amor y adoración por la raza aumentó su popularidad en todo el mundo.
Después del siglo XIX varios escritores del mundo canino parecen coincidir en que había dos tipos de terrier existentes en Gran Bretaña en ese momento: uno con capa de pelo duro, llamado terrier escocés, y otro con capa de pelo liso, llamado terrier inglés.
Thomas Brown, en sus «Apuntes biológicos y anécdotas auténticas de perros» (1829), afirma que «el terrier escocés es sin duda el más puro desde el aspecto de la raza y el inglés (liso) parece haber sido producido por un cruce con él.» Brown pasó a describir el terrier escocés como «bajo en estatura, con un cuerpo fuerte musculoso, patas cortas y gruesas, una cabeza grande en proporción al cuerpo» y que era «generalmente de color arena o negro con un pelo duro, enredado y largo.» Aunque el terrier escocés descrito ahí es más genérico que el específico de la raza, sostiene la existencia de un pequeño terrier con pelo duro, áspero, desarrollado para la caza menor en las Tierras Altas de Escocia durante el siglo XIX. Una descripción que comparte características con lo que una vez fue conocido como el terrier de Aberdeen y es hoy en día conocido como el terrier escocés. Además, las pinturas de Sir Edwin Landseer y una litografía de 1835 titulada «Terriers escoceses trabajando en las cordilleras de las Tierras Altas del Oeste» ambos representan tipos de Scottie muy similares a los descritos en los primeros estándares que existieron acerca del terrier escocés.
A menudo se escribe que el terrier escocés de hoy en día proviene de una sola perra, Splinter II, y dos sementales. En su libro, «The New Scottish Terrier», Cindy Cooke se refiere a Splinter II como «La matrona fundacional del terrier escocés moderno.» Cooke continúa diciendo: «Por alguna razón, los primeros criadores de esta línea solo criaron en esta perra con la virtual exclusión de todos los demás. Cuando fue apareada con Tartan, produjo a Worry, la madre de cuatro campeones. Rambler, su hijo con Bonaccord, engendró la base fundacional de dos sementales de la raza.» Los campeones de exposición en ambos lados del Atlántico descienden de Splinter y sus sementales también.
